朱允炆办武学的本意很简单，就是培养一批忠君爱国的将领，所以在军校集训中，政治思想教育占了不小的篇幅，学员早上起床和晚上就寝前，都要高唱《精忠报国》，举行升旗和降旗仪式；学员开学、毕业以及重大活动中，朱允炆无论多忙，都要亲临现场进行指导，激发学员的忠君之心；同时朱允炆还在武学的礼堂、教室等关键位置都放上自己的画像，供武学的教官、学员鞠躬使用，其实朱允炆最希望看到的是自己的军队能如同后世的“皇军”一样，忠心不二，死而后已，虽然达到这一点，并不容易。
为保证京师的安全，朱允炆在京师附近放了三个近卫军，分别部署在东边的镇江、京师南部以及西边的下关码头附近，从三面保卫京师的安全。此次邵云的第七军进京，就是为了替换曹玉书的第二军，朱允炆早就打算将其派到北京，对抗蒙古人，此次随徐辉祖平乱，只不过是顺便而已。
刚开始创建近卫军的时候，朝臣以为是皇帝要扩大亲军的规模，并没有反对。但是，随着近卫军规模越来越大，朝臣纷纷上书，要求将近卫军归于五军都督府和兵部的管辖之下，因为先帝时亲军只有十二卫，不过七八万人的规模，朱允炆登基之后，不仅将亲军扩张为十五卫，还组建了九个近卫军，总规模已经接近三十万人，已经远远超出了护卫京师安全的需要，所以朱允炆最近决定修改军制，也是基于这方面的考虑。
送走徐辉祖后，朱允炆的精力放在了重新梳理情报三司上，他首先明确了三司的工作范围，情报司主要负责国内的土司、蛮夷叛乱以及敌国军政的侦查上面；调查司主要负责大明文臣武将的监控，包括叛乱、通敌以及贪污、渎职等种种行为的监控；安全司主要针对皇族和勋贵，主要针对的是他们的叛乱行为，其他的事情也要记录，但不作为其主要目标。
鉴于调查司规模庞大，覆盖面甚广的缘故，朱允炆将调查司分拆为二，分为调查一司和调查二司，司长分别为万自成和谢井阳，其中万自成是朱允炆最早的护卫，而谢井阳今年三十多岁，江西南昌人，是从军机处下属的参谋中抽调过来的，能力、忠心上都很让朱允炆满意。
同时朱允炆对四个司长下了严令，除非有上一级的指示，其下属不许私下接触，违者严惩不贷；同时还暗示他们，鼓励检举其他部门的不作为，最终目的是督促他们努力工作，不得隐瞒，要时刻谨记“效忠陛下”。
这些情报部门直属军机处，一切情报都有军机处负责统筹处理，但为了防止军机处欺下瞒上，朱允炆又给了几位司长“密折专奏”之权，如果事关重大，可以直接上奏给自己，这也是学的后世康熙、雍正帝的做法。
处理完这些事情后，朱允炆感觉脑细胞消耗了大半，他疲惫的躺在龙床上，苦笑，为什么别人当皇帝那么容易，到了自己这里就这么费劲呢？按照自己的本心，是不想使用特务的，但最终结果却是将大明朝的特务规模扩张了一倍，恐怕自己在后世的名声恐怕不会太好吧！唉！
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